Официальная этимология простого слова, как это часто бывает, запутана и неопределённа.
Однако в случае крыжовника семантика вдобавок неожиданно многозначна и на многих языках связана с.. "христианством": "Появилось в России не ранее XVII в. ; см. Соболевский (РФВ 70, 88), который предполагает, что это слово произошло из польск. *krzyzewnik. Вероятно, это калька с помощью производного от крыж "крест" (см.) . В нов. -в. -н. диалектах существуют названия Krisdohre (букв. "христов терн"), Kristolbeere ("ягода терна христова"), балт. -нем. Krisdore, откуда лит. krizdule "крыжовник", лтш. krizduolе – то же (М. –Э. 2, 282; Зеверс, KZ 54, 31). В основе русск. слова лежит именно это нем. слово, а не нем. Krausbeere, Krusebeere, вопреки Преобр. (I, 397), Горяеву (ЭС 171), и не производное от польск. krzew "куст", вопреки Гроту (Фил. Раз. 2, 492). Знач. нем. слов "христов терн" и т. п. могло быть калькировано в польск. как "крестовая ягода", что я считаю более вероятным, чем предположение Кипарского о том, что нж. -нем. krusbeere подверглось кальке с помощью русск. производного от крыж "католический крест";

Название крыжовника во многих языках вызывает недоумение. В английском крыжовник назван гусиной ягодой (gooseberry), хотя некоторые лингвисты считают, что гуси здесь не при чём, а слово заимствовано из голландского названия – Kruisbezie. В немецком языке крыжовник буквально означает «Христов тёрн» . Русское название тоже представляет собой этимологическую загадку. Возможно, крыжовник имеет отношение к кресту, на что указывает устаревший корень «крыж» . В белорусском языке крыжовник называется агрэст. Это слово заимствовано из итальянского через польский и означает «неспелая гроздь».
"Гусиная ягода", если вспомнить Яна Гуса также имеет христианскую подоплёку.
Другими словами, как и в случае с незабудкой перед нами образчик достаточно свежего словотворчества Людей для малых сих народов. Творчества весьма изощренного, не гнушавшегося таких мелочей как "крыжовник" и "незабудка".

А связь крыжовника с "крыжем латинксим" достаточно наглядна.