Я тут вижу почти такую же ситуацию, как и в случае со "Святой" "Екатериной".

Фараон реально боялся, и боялся он конечно не Моисея. А того, кто был за ним. И именно поэтому и позволил всё это провернуть.

Если бы он контролировал ситуацию, то ему куда как проще Моисея удавить. Благо россказни про происхождение от - это всего лишь слова (да и то современные нам), удавить любого по приказу высшей власти могут везде и всегда, тем более, если высшая власть - божественна.

Нигде не сказано, что у Моисея были какие-то отряды боевые или иные силы. Нигде не сказано, что Моисея например поддерживало жречество (поддержка части оного конечно наверняка имелась, но это не то, чего будет прям вот так бояться царь). Поэтому не Моисей был угрозой Фараону.