и Союз летел 3 суток.

Я думаю, что опыт наших и неопытность ихних - вторичны.
Если наши математики сумели найти оптимальную траекторию - ихние смогли бы не хуже.

Скорее всего,
а) общая необкатанность системы CпасиХ'a - им бы просто вывести без проблем
и с наименьшими затратами. Не до оптимизации с целью ускорения стыковки.
б) возможно, на СпасиХе не хватает ресурсов - топливных или маневровых.
ц) возможно, виновато расположение космодрома - труднее подстроиться по траекторию МКС,
и таков и есть кратчайший путь для мыса Канаверел.