мне кажется, в зависимости от принимаемой гипотезы зарождения цивилизации вообще - и проблема зарождения городов будет выглядеть по разному.
Например,
1) ЕСЛИ Ц зародилась "помаленьку из обезьянки" - то города возникли, коротко говоря, "по Герасимову". То есть, в удобных узлах торговли осели ремесленники и тд итп. Собственно, по классической ист-науке, примерно так же, только дольше. По мере расселения "сынов Адама" по Палестине и по мере перехода к оседлому чему-то там, так сказать.
2) ЕСЛИ принять гипотезу синюковского "торгового племени"(="прогрессоры"), то города и монастыри - это опорные пункты такой экспансии.
3) ЕСЛИ принять гипотезу катастрофизма = "великий потоп", то города - узлы выживания.
4) ЕСЛИ люди - искусственное творение неких сил ("пришельцев") или, собственно, потомки выживших пришельцев - то можно придумать и другие причины.

Я к тому, что города - это факт. Но на этом факте не написано, кто и зачем согнал народ в каменные/деревянные мешки.