судя по этому плану [lh3.googleusercontent.com]

эта "тайная вечеря" была в иезуитском храме, который или был построен или только собирался. Т.к. Леонардо прежде всего архитектор, то вполне возможно он и изобразил всех в храме имени Христа. Это хорошо видно по трём фронтальным окнам и 6-ти боковым зимним дверям (по три с каждой стороны) для выхода на галерею крыши. Церковь же изначально внутри стилизована было под "райский сад".