Если прикрыть доски от прямого контакта с водой, то прослужат они дольше.
Зачем еще два слоя? Первый с дырками?
Конечно надо бы посмотреть чертежик, толщину слоев и их взаимное расположение. Все ли они были снаружи и на днище? А может быть кораблик был экранирован сверху и снизу, да еще и некоторые внутренние помещения были герметизированы? Тогда использование трех слоев становится понятным и желательным. При серьезных ливнях герметизировать нужно наподобие подводной лодки.
Второе соображение - таких монстров не станут делать просто так наобум.
Как впрочем и пирамиды. В фильме ехидно прошлись на счет желания все объявить храмами, понять можно. Сегодняшние храмы воспринимаются как средство к спасению только на том свете.
Но ведь наши кораблики-ковчеги действительно могут быть храмами в их первоначальном значении.
Плавать эти лодки никуда не собирались, по конструкции все ясно. Но и плоскодонными их не стали делать, а заморочились.
Выводов можно сделать два:
1. чувачки знали о приближающейся катастрофе как мин. две вещи - время начала и что будет происходить.
2. Лодки не были единственным средством спасения, а входили в комплекс мер по спасению и выживанию. Возможно их собирались применять на каком-то этапе, в частности, при подъеме уровня океана на высоту озер или выше. Понятно, что в этом случае эффективно защитить подземные сооружения не получится, все будет затоплено.

Что касаемо туманных сведений о легендарном разврате на этих ковчегах, то почему нет?
После катастрофы девственницы должны были быть оприходованы в любом случае. Либо святыми отцами, либо правителями и их приближенными..
По сути это и были плавающие гаремы.

пп Что касаемо первого удара стихии, то вся эта история находится в горах. Варианты спасения были.

ппп В ролике говорится, что корабли в легенде называли "железными". Разве это не подсказка, что снаружи они имели "железную" обшивку? Деревянные лодки с защищенной подводной частью никто железными называть не станет.