Если предположить (а вдруг), что кто-то в средние века, начитавшись Малалы, перепутал датировки от СМ и решил, что там все датировано по Константинопольской эре (которую мы знаем как РХ+5508), то у него и это консульство Юстиниана должно было бы оказаться в 6497 году.

Тот, кто в средние века читал Малалу, ничего не перепутал. Он считал, что Малала ошибался. И указанное консульство Юстиниана было не в 6497 году, а примерно на 500 лет ранее. Потому что Христос радился (а это он знал "точно") на эти 500 лет раньше, чем у Малалы.

И откуда тогда у "средневекового хронолога" взялись все события, которые происходили между 528 и 989 годами н.э.?

Я не буду оригинален - они были придуманы. Не с 528 года, а примерно на 100 лет позже.

То есть, я не могу ее понять не только как гипотезу про "на самом деле", но даже как сюжет для рассказа в жанре исторического фэнтези. Что вот это значит про "по ошибке отсчитывать 5500 год стали с того же года сотворения мира"? 989 н.э. - это уже Средние века или еще нет? Люди (которые сдвигали) знали, был тут в это время Юстиниан или нет? Править он закончил в 565 году н.э., то есть по "эре Малалы" в 6534 году от СМ = 1026 году н.э. (если пересчитывать по эре 5508).

Наверное, я плохо этот момент прописал. Попробую исправиться. Примерно спустя век после Малалы и Юстиниана оба Рима полностью деградировали. Науки, искусство, литература, экономика и проч. - все это осталось в прошлом. И летописание, как историческая наука, естественно, тоже. Эта деградация провела жирную черту между прошлым и современностью. Для человека того времени (VII в) Древний Рим, включая Юстиниана, являл собой древнюю историю, золотое время, скрывающееся где-то во тьме прошлого. Когда все это было - хз. Давно. И если ему скажут, что после Юстиниана прошло не 100 лет, а 600, то вряд ли это вызовет какую-то серьезную реакцию, способную оставить след в истории. Ну а VII век в этом рассчете превращается в сегодняшний XII век.